При правильному поводженні паливні елементи абсолютно безпечні. Загалом водневі паливні елементи становлять менше ризиків, ніж звичайні джерела живлення транспортних засобів. Хоча водень є легкозаймистим, а паливні елементи потребують високої напруги, деякі стандартні методи безпеки пом’якшують ці загрози.9 червня 2022 р.
Вартість сировини Дорогоцінні метали, такі як платина та іридій, як правило, потрібні як каталізатори в паливних елементах і деяких типах водяних електролізерів, що означає, що початкова вартість паливних елементів (та електролізерів) може бути високою. Така висока вартість утримала деяких від інвестицій у технологію водневих паливних елементів.
Водень, який використовується в паливних елементах, є дуже легкозаймистим газом може спричинити пожежі та вибухи, якщо з ним поводитись неправильно. Водневі пожежі невидимі, і якщо працівник вважає, що є витік водню, завжди слід припустити, що полум'я присутнє.
Дорогий у виробництві через високу вартість каталізаторів (платина) Відсутність інфраструктури для підтримки розподілу водню. Багато доступних на даний момент технологій паливних елементів знаходяться на стадії прототипу і ще не перевірені. Виробництво водню є дорогим і малодоступним.
Водень є таким же безпечним, як і будь-яке інше паливо, що використовується в автомобілях. Він використовувався як носій енергії протягом десятиліть, і існує величезна кількість накопичених ноу-хау та досвіду в Toyota та інших країнах для безпечного поводження з ним.
Однак він теж не зовсім росте на деревах, і немає підземних «кишень водню», з яких ми могли б його просто викачати. Він не існує на нашій планеті в чистому вигляді, тому його потрібно добувати із сполук, з яких він не дуже хоче відокремлюватися, забираючи багато енергії.