T-Coffee означає «Деревоподібна цільова функція узгодженості для оцінки вирівнювання”. Це в основному/в основному метод вирівнювання множинної послідовності (MSA), але він також надає набір корисних/потужних інструментів, представлених у цьому посібнику.
Т- Кава є прогресивне вирівнювання з можливістю розглядати інформацію з усіх послідовностей під час кожного кроку вирівнювання, а не лише з тих, що вирівнюються на цьому етапі. Основна бібліотека містить набір попарних вирівнювань між усіма послідовностями, які потрібно вирівняти.
В останній версії T-Coffee можна використовувати поєднувати білкові послідовності та структури, послідовності та структури РНК. Він також може запускати та комбінувати вихідні дані найпоширеніших пакетів вирівнювання послідовності та структури.
Поради: ClustalW швидший за T-Coffee, але T-Coffee точніший, особливо коли послідовності мають менше ніж 30% ідентичності. MAFFT набагато швидший, ніж ClustalW і T-Coffee, і дуже точний. Необхідно вставити принаймні 3 послідовності (або ідентифікатори).
MUSCLE також використовує прогресивне вирівнювання, яке повторюється, щоб отримати кращий бал SP (пояснено в статті «Основна концепція MSA»). T-COFFEE — це імпровізація над MUSCLE у тому сенсі, що він поєднує в собі як глобальне, так і локальне вирівнювання, що забезпечує кращі результати, а також відповідає чотирьом контрольним тестам.
Лазерне вирівнювання є найточнішим доступним методом. Цей метод використовує найсучасніші лазери для визначення положення стовбура. Потім він зв’язує цю інформацію з комп’ютером, надаючи дуже точні рекомендації щодо коригування.