Біговий буфер містить іони, які проводять струм через гель. Коли білки завантажуються в лунки на верхньому краю та подається струм, білки втягуються струмом через пластину матриці та відокремлюються за ситовими властивостями гелю.
Процедура включає локалізацію цікавого білка на гелі після SDS-PAGE, елюювання білка з гелю, видалення SDS з елюйованого зразка та остаточну ренатурацію білка (наприклад, ферментів) для подальшого аналізу.
Білки (та інші макромолекули) можна розділити за розміром за допомогою хроматографії на стовпцях із кульок гелю, які мають дрібні пори, так що менші молекули проводять більше часу в порах опорного середовища і, отже, рухаються повільніше, ніж великі молекули.
Тоді як одновимірний SDS-PAGE розділяє білки на основі розміру, двовимірний гель-електрофорез розділяє білки спочатку на основі ізоелектричної точки, то на основі розміру. Цей метод здатний розрізняти від 1000 до 2000 окремих білків у поєднанні з чутливими методами виявлення.
Електрофорез амінокислот. Вступ: Електрофорез – це метод розділення засноване на русі заряджених іонів під впливом електричного поля. Ця методика в основному використовується для розділення амінокислот і пептидів на основі їх заряду.
Під впливом електричного поля білок у градієнті рН мігрує в положення, поки його сумарний заряд не стане нульовим (додаткову інформацію див. у розділі 2-D електрофорез). Послідовне застосування різних методів електрофорезу забезпечує багатовимірне розділення.
SDS-PAGE розділяє білки насамперед за масою тому що іонний детергент SDS денатурує та зв’язує білки, щоб зробити їх рівномірно негативно зарядженими.Таким чином, коли подається струм, усі SDS-зв’язані білки у зразку будуть мігрувати через гель до позитивно зарядженого електрода.