Конвенція про найменування ферментів рестрикції Конвенція про найменування враховує три характеристики організмового походження ферменту — рід, вид і штам або серотип — для розробки скороченої назви з наступними римськими цифрами для представлення кількох ферментів рестрикції з одного штаму [9].
EcoRI походить від штаму Escherichia coli RYB. У EcoRI «E» походить від роду «Escherichia», а «co» — від виду «coli». Буква «R» походить від назви штаму RYB. Римські цифри після назви вказують порядок, у якому ферменти були виділені з цього штаму бактерій.
Перші три літери назви ферменту рестрикції є абревіатурою виду бактерій, з яких був виділений фермент. (наприклад, Eco- для E. coli та Hin- для H. influenzae), а четверта літера позначає конкретний бактеріальний штам.
Майже всі ферменти закінчуються суфіксом «-аза». Зазвичай імена мають форму «субстрат або продукт – реакція каталізується.” Наприклад, лактатдегідрогеназа — це фермент, який видаляє водень (плюс 2e–, тобто гідрид) із лактату, утворюючи карбоніл у піруваті.
'Фермент рестрикції» і «ендонуклеаза рестрикції».' слід розглядати як синонім, а абревіатура REase (або в деяких випадках R) є кращою. Однак також може використовуватися абревіатура ENase, яка широко використовується.
За винятком деяких спочатку досліджених ферментів, таких як пепсин, ренін і трипсин, назви більшості ферментів закінчуються на "ase". Міжнародний союз біохімії (I.U.B.) ініціював стандарти номенклатури ферментів, які рекомендують, щоб назви ферментів вказували як на субстрат, на який вони впливають, так і на тип каталізованої реакції.